oligo合成仪操作流程
转录组数据中如何找GO富集分析上下调基因?
转录组数据中如何找GO富集分析上下调基因?
转录组测序得数据怎么判断kegg富集显著性 提取样品总RNA后,用带有Oligo(dT)的磁珠富集真核生物mRNA(若为原核生物,则用试剂盒去除rRNA后进入下一步)。
加入fragmentation buffer将mRNA打断成短片段,以mRNA为模板,用六碱基随机引物(random hexamers)合成第一条cDNA链,然后加入缓冲液、dNTPs、RNase H和DNA polymerase I合成第二条cDNA链,在经过QiaQuick PCR试剂盒纯化并加EB缓冲液洗脱之后做末端修复、加A并连接测序接头,然后用琼脂糖凝胶电泳进行片段大小选择,最后进行PCR扩增,建好的测序文库用Illumina HiSeq? 2000进行测序。
pcr技术可以检测目的基因的表达么?
可以。
RT -PCR即逆转录-聚合酶链反应。原理是:提取组织或细胞中的总RNA,以其中的mRNA作为模板,采用Oligo(dT)或随机引物利用逆转录酶反转录成cDNA。再以cDNA为模板进行PCR扩增,而获得目的基因或检测基因表达。
RT-PCR使RNA检测的灵敏性提高了几个数量级,使一些极为微量RNA样品分析成为可能。该技术主要用于:分析基因的转录产物、获取目的基因、合成cDNA探针、构建RNA高效转录系统。
pcr检测类别?
根据DNA扩增的目的和检测的标准可以将PCR仪分为:普通PCR仪,梯度PCR仪,原位PCR,实时荧光定量PCR仪等几类。
2.1普通PCR仪,一般把一次PCR扩增只能运行一个特定退火温度的PCR仪,称之为普通PCR仪。
2.2梯度PCR仪,一次性PCR扩增可以设置一系列不同的退火温度条件(通常12种温度梯度)的称之为梯度PCR仪。
2.3原位PCR仪,是用于从细胞内靶DNA的定位分析的细胞内基因扩增仪。
2.4实时荧光定量PCR仪,在普通PCR仪设计基础上增加荧光信号激发和采集系统和计算机分析处理系统,形成了具有荧光定量PCR功能的仪器。
克隆基因全长?
基因做表达实验必须要克隆全长 步骤:1,rna抽提(同rt) 2,逆转录,使用合成的oligo 3,p内参 4,使用根据已知序列设计的上游引物和提供下游引物做pcr,注意设计上游引物是退火温度与下游引物相差不大。 5,产物切胶回收,ta克隆测序 这个oligo和下游引物是我根据takara和bd公司的manual自己设计的,经过我的使用效果很好。具体操作参照takara的3-racemanual。你先做3-race,了解熟悉下,成功后再做5-race。5-race要买试剂盒做,较为复杂!