绘制序列保守型logo如何选择序列
蛋白质保守基序图怎么分析？
蛋白质保守基序图怎么分析？
1、蛋白质序列分析路线图是指为了对蛋白质的成分和形成原因进行分析，而沿着蛋白质的形成部位和形成过程进行跟踪的线路。
2、蛋白质序列分析工具如下：
(1) 跨膜区预测。
方法：输入待分析的蛋白序列即可。
(2) 信号肽预测。
方法：输入待分析的蛋白序列，如为原核基因选择原核训练集，否则选择真核训练集。
(3) 亚细胞定位预测。
推荐使用PSORT软件对PDCD5蛋白的细胞内定位进行预测。
PSORT将动物蛋白质定位于10个细胞器：
(1)细胞浆，(2)细胞骨架，(3)内质网，(4)胞外，(5)高尔基体，(6)溶酶体，(7)线粒体，(8)胞核，(9)过氧化物酶体(peroxisome)和(10)细胞膜。蛋白质是组成人体一切细胞、组织的重要成分。机体所有重要的组成部分都需要有蛋白质的参与。一般说，蛋白质约占人体全部质量的18%，最重要的还是其与生命现象有关。蛋白质是生命的物质基础，是有机大分子，是构成细胞的基本有机物，是生命活动的主要承担者
载体的基本结构？
启动子
启动子是DNA链上一段能与RNA聚合酶结合并起始RNA合成的序列，它是基因表达不可缺少的重要调控序列。没有启动子，基因就不能转录。由于细菌RNA聚合酶不能识别真核基因的启动子，因此原核表达载体所用的启动子必须是原核启动子。 原核启动子是由两段彼此分开且又高度保守的核苷酸序列组成，对mRNA的合成极为重要。在转录起始点上游5～10 bp处，有一段由6～8个碱基组成，富含A和T的区域，称为Pribnow 盒，又名TATA 盒或－10区。来源不同的启动子，Pribnow 盒的碱基顺序稍有变化。
gu-ag原则名词解释？
多数细胞核mRNA前体中内含子的5‘边界序列为GU，3’边界序列为AG。因此，GU表示供体衔接点的5‘端，AG表示接纳体衔接点的3’端。把这种保守序列模式称为GU-AG法则，又称为Chambon法则。
设计引物的时候，我比对氨基酸序列，由于保守性很高，老师让我用核苷酸序列比对？
要设计简并引物是么？
最好还是使用CDS序列来做比对，然后根据保守区设计简并引物，CDS两端的非翻译区在物种间变化太大，不适合设计引物。
把获得各个物种的CDS做成fasta格式的，序列最好处理成纯序列格式的不含其它任何字符。然后用比对软件比对一下，如mega，DNAman或者是vector NTI里的比对工具都可以做比对。
在比对结果里找到非常保守的区域就可以设计简并引物了。
设计的简并引物可以根据经验公式自个算Tm值。不用计较打分的问题。因为你只能在保守区设计引物。
图是做的DNA序列比对，有保守区和不保守区。我觉得，引物的3端最好位于最保守的区域。